親權指數 (PI) 計算

　　上例中假設父 2 不能排除父子親生關系 , 但他不一定是孩子的生父，因為人群中 FGA-25 基因頻率為 0.0958 。雖然生父必須有生父基因，但有 FGA-25 基因的男人不一定就是孩子的生父。按照概率理論，具有生父基因的假設父和具有生父基因的隨机男人都有成為孩子生父的可能性。假設父提供生父基因成為孩子生父的可能性和隨机男人提供生父基因成為孩子生父的可能性的比值叫作親權指數（ paternity index,PI ）。前一种可能性假設為 X; 后一种可能性假設為 Y 。上例中的假設父 2 基因型為 24/25 雜合子，他提供生父基因 FGA-25 的可能性為 1/2 ，即 X=1/2 。隨机男人提供生父基因 FGA-25 的机會為該基因的頻率，即 Y=0.0958 。因此，此例的 PI 值為 0.5/0.0958=5.22 。如果假設父 2 的确是孩子的生父，則不論檢測多少位點，均不會排除他与孩子的親生關系，在所有檢測的位點，每一個位點就可以計算出一個 PI 值，多個位點的累計 PI 值等于各個位點 PI 值的乘積，但前提條件是所檢測的各位點之間沒有遺傳連鎖關系。
三聯体基因型組合的可歸納為三條原則：
  （ 1 ）當假設父為純合子時， X=1 ；假設父為雜合子時， X=1/2 ，但雜合子假設父的 2 個基因均可能是生父基因時， X=1 。
  （ 2 ）只涉及 1 個生父基因時， Y 值等于生父基因的頻率。
  （ 3 ）若涉及 2 個生父基因時， Y 值為 2 個生父基因頻率之和。